Медицинско-санитарная часть учреждения была организована в апреле 2003 года. В 2015 году она была переименована в отделение медицинской помощи несовершеннолетним. Отделение имеет лицензию на осуществление медицинской деятельности по педиатрии, стоматологии, психиатрии, а также по сестринскому делу и физиотерапии.
Основными задачами подразделения являются: сохранение и укрепление здоровья обучающихся, формирование здорового образа жизни, создание в учреждении здоровой среды проживания, проведение лечебно – профилактических, санитарно- гигиенических мероприятий. На каждого обучающегося разработаны индивидуальные планы оздоровления.
Ежедневно проводится утренний осмотр обучающихся и сотрудников пищеблока, контролируется закладка продуктов ежедневного рациона. В работе ОМП используются современные медикаментозные препараты, а также новейшая аппаратура для работы стоматологического и физиотерапевтического кабинетов. Осуществляется контроль за санитарным состоянием объектов учреждения. С работниками ОМП регулярно поводятся тренинги по оказанию неотложной помощи.